由于肝结核没有特征性的病症，临床上难以做出诊断，容易误诊为伤寒慢性黄疸型或无黄疸型肝炎、肝硬化、肝脓肿、慢性胆囊炎或者是肝癌与恶性淋巴瘤，多数病例需要肝穿刺活检才能够明确诊断。
有人认为青年人没有原因的发热伴有肝或上腹胀痛，肝肿大伴有触痛，食欲减退，中度贫血白细胞减少或正常，血沉加快，肝功能损伤都提示本病的诊断，结核菌素实验多成阳性，有结核和脓肿的b超、ct或磁共振可以发现占位性的病变，可以做抗结核诊断治疗。
肠结核的诊断和鉴别诊断
如有以下情况应考虑本病：
①中青年患者有肠外结核，主要是肺结核；
②临床表现有腹泻、腹痛、右下腹压痛，也可有腹块、原因不明的肠梗阻，伴有发热、盗汗等结核毒血症状；
③X线小肠钡剂检查发现跳跃征、溃疡、肠管变形和肠腔狭窄等征象；
④结肠镜检查发现主要位于回盲部的肠黏膜炎症、溃疡、炎症息肉或肠腔狭窄；
⑤PPD（结核菌素）试验强阳性。如活体组织病检能找到干酪性肉芽肿具确诊意义，活检组织中找到抗酸染色阳性杆菌有助诊断。对高度怀疑肠结核的病例，如抗结核治疗数周内（2～6周）症状明显改善，2至3个月后肠镜检查病变明显改善或好转，可作出肠结核的临床诊断。
对诊断有困难而又有手术指征的病例行手术剖腹探查，病变肠段或（及）肠系膜淋巴结病理组织学检查发现干酪性肉芽肿可获确诊。
克罗恩病与肠结核的鉴别诊断
肠结核患者既往或现有肠外结核病史；临床表现少有瘘管、腹腔脓肿和肛门周围病变；内镜检查见病变主要涉及回盲部，可累及邻近结肠，但节段性分布不明显，溃疡多为横行，浅表而不规则；活检组织抗酸杆菌染色阳性有助肠结核诊断，干酪样肉芽肿是肠结核的特征性病理组织学改变（可惜因取材大小受限，依靠活检较难发现这一特征性病变）；结核菌素试验（PPD）强阳性、血清结核杆菌相关性抗原和抗体检测阳性等倾向肠结核诊断。对鉴别有困难不能除外肠结核者，应先行诊断性抗结核治疗，肠结核经抗结核治疗2～6周后症状有明显改善，治疗2～3个月后内镜所见明显改善或好转。有手术指征者可行手术探查，病变肠段或肠系膜淋巴结病理组织学检查发现干酪性肉芽肿可获确诊。
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