先天性胆管扩张可以行腕引流手术，适用于严重的胆道感染，经过短期保守治疗无法控制，中毒症状严重。
1，一般情况较差的患儿，胆道创孔引起严重的胆汁性腹膜炎，而且穿孔部位粘黏严重，病情危急，无法依级进行根治手术者，手术后一到三个月，病情稳定营养改善炎症明显消退后可以择期进行根治性囊肿切除以及胆道重建术。
2，囊肿肠吻合的内引流术，该手术方法由于存在胰胆合流，术后还是反复发生胆管炎和胰腺的各种并发症，目前多数学者不在应用。
3，扩张胆总管胆囊切除胰胆分流胆道重建术，它是治疗本症的首选，优点为解决胆总管梗阻，彻底切除病变，还进行了胰胆管的分流，去除胰胆管合流异常的重要病理改变。
4，经腹腔镜胆总管囊肿切除。
先天性胆管扩张症的鉴别诊断
对于先天性胆管扩张症的患儿，需要与一些疾病进行鉴别诊断。
如果是以腹部肿块为突出表现者需要与以下疾病进行鉴别诊断，比如肝囊肿、肝包虫病、腹膜后囊肿、肾积水、肾胚胎瘤、大网膜囊肿和胰腺假性囊肿，这些可以做一些影像学检查协助诊断。
对于以黄疸为突出表现者应该与胆道闭锁、胆管癌、右上腹部腹膜后肿瘤压迫胆总管等相鉴别，也可以做影像学检查协助判断。
对于以腹部疼痛为突出症状者应该与胆道蛔虫症、急性胆囊炎、急性胰腺炎以及肠套叠相鉴别，可以做影像学检查以及一些实验室检查协助判断。
先天性食管闭锁手术方式
手术方式有很多，可能采用开放式的手术或者是胸腔镜手术。1、开胸食管闭锁手术，2、胸腔镜食管闭锁手术，3、气管食管瘘的一些治疗手术，4、长段型食管闭塞的治疗方法。
这些方法都是根据不同的严重程度，不同的部位闭锁选用的方法，各有利弊。比如胸腔镜食管闭锁手术，可以缩短手术恢复时间，减少术后的疼痛和术后的胸廓畸形的发生率，但是必须要有良好的临床经验。而开放式的手术，虽然是开放式的，出血会较多恢复起来慢一些，但是总体来说它的安全系数会更高一些，因为视野暴露得更充分。
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