对于具备临床诊断依据中的两项可以进行临床诊断，如果同时具备病原学确诊依据之一者，可以确诊为病毒性心肌炎。如果具备病原学参考依据之一者，可以临床诊断为病毒性心肌炎。凡是不具备确诊依据应该给与必要的治疗或者随诊。
根据病情变化确诊或者除外心肌炎，应该注意除外风湿性心肌炎、中毒性心肌炎、先天性心脏病，有风湿性疾病以及代谢性疾病，比如甲状腺功能亢进引起的心肌损害，原发性心肌病、原发性心内膜弹力纤维增生症、先天性房室传导阻滞、心脏自主神经功能异常、β受体功能亢进以及药物引起的心电图改变。
病毒性心肌炎的病原学诊断
病原学诊断是通过各种方法，寻找引起病毒性心肌炎的病原体，其中确诊的指标是从心内膜、心肌或者心包来发现病原体，其中这些检查可以通过活体组织检查或者病理检查等来进行，也可以通过心包穿刺液检查。
如果发现以下几个指标，即可以进行确诊：
首先，是分离到病毒。
第二，是用病毒核酸探针查到病毒核酸。
第三，是特异性病毒抗体呈阳性。
第二大类是参考的依据，如果有以下之一结合临床表现，可以考虑心肌炎是由病毒引起的，这些指标包括自粪便、淹柿子或者血液中分离到病毒，而且恢复期血清同型抗体滴度，较第一份血清升高或者降低四倍以上，或者病程早期血中，特异性癌前抗体阳性，用病毒核酸探针，自患儿血中查到病毒核酸。
病毒性心肌炎的诊断
病毒性心肌炎的诊断，金标准检查方法是心内膜心肌活检。但是由于这种检查手段属于有创性的检查手段，所以说在实际临床当中应用的并不多，主要适用于病情危重，治疗效果差，以及原因不明的病人，在必要的时候采用心内膜心肌活检，来明确是不是存在病毒性心肌炎。
在实际临床当中，病毒性心肌炎的诊断其实主要为临床诊断，根据患者有无前驱感染史，对于病毒性心肌炎的患者，往往会伴有发病前三周之内出现咳嗽，咳痰，感冒，发热，腹泻等问题。
还可以结合患者的实际临床表现及体征，心电图表现，心肌酶学是否存在异常，来进一步的明确是不是存在病毒性心肌炎，还有就是心脏磁共振，对于心肌炎的诊断有着较大的临床价值。
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