结肠镜总体来讲是安全的，但偶尔有可能出现肠穿孔和心脑血管意外的并发症。前者容易出现在结肠存在严重病变和营养情况差的患者，后者容易发生在既往存在严重心脑疾病的患者。
因此结肠镜检查不是每个人都能做，以下情况均是结肠镜检查的禁忌症，包括严重心脏病患者和心体衰弱不能耐受者，严重高血压病，肺功能不全，脑循环障碍者，肠道狭窄，近期手术有肠穿孔可能者，曾做过肠道放射治疗并发生肠道放射性坏死者。此外下消化道急性炎症，腹腔炎，肛周脓肿，妇女经期及精神病患者均不宜做此检查。
电子结肠镜检查疼吗
电子结肠镜检查比较疼。结肠镜检查需要在肛门插入检查镜，逐渐观察肠道黏膜病变情况，因此在肠镜进镜的过程中会引起明显的肠道不适症状。并且为了便于肠镜的检查，肠镜检查过程中需要往肠腔内打入气体，由此会引起明显的肠道胀痛的症状。因此普通肠镜检查是比较疼的。如果惧怕行普通肠镜检查，可以行无痛肠镜检查，就不会感觉到疼痛了。
建议行肠镜检查前避免进食辛辣、冷硬、油炸等刺激难消化的食物，避免饮酒。注意休息，避免熬夜劳累，有利于耐受肠镜检查。
结肠镜检查怎么做，很痛苦吗
被检查者取左侧卧位，医生将电子肠镜从肛门插入，通过反复内径旋转、曲直、缩短、充气与吸气等操作技巧，将柔软的肠镜镜端经九曲十八弯的直肠与结肠送达盲肠，然后与缓慢的推进过程对各肠段进行细致的观察。
受检者的不适主要出现在肠镜的插入过程，表现为充气后的腹部胀痛及肠镜与转弯处受力时对肠道的牵拉疼痛。再退镜观察过程中被检者几乎没有任何明显的不适。
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