肠镜一般可以检查出肛瘘和肛裂，患者身体出现不适症状时，应立即前往医院就诊，积极配合医生治疗。
肠镜检查通常是通过肛门进入肠道， 能够依次观察整个直肠以及全部结肠的检查方式，能查出的疾病主要是肠道疾病，有炎症性疾病、肿瘤疾病、缺血性疾病等。具体包括肠炎、伪膜性肠炎、肠道囊腺瘤样息肉以及增生性息肉、克罗恩病、乙状结肠发炎、慢性结肠炎、溃疡性结肠炎、神经系统内分泌失调瘤、直肠癌、结肠癌、缺血性肠病等。同时肠镜也可以观察直肠肛管周围的病变，比如痔疮、肛裂、肛瘘等，所以肠镜一般可以检查出肛瘘和肛裂。
如果在进行检查时确诊为患有肛瘘，可在医生指导下外用阿莫西林胶囊、马应龙麝香痔疮膏、头孢地尼分散片等药物治疗。如果在检查时确诊为患有肛裂则应遵医嘱通过肛管扩张术、肛裂切除术、内括约肌切断术用手术方式进行治疗。
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