结核性盆腔炎主要与子宫内膜异位症和盆腔炎性疾病后遗症相鉴别。不典型的子宫内膜异位症可能与结核性盆腔炎容易混淆，均可出现月经紊乱，不孕，痛经，盆腔粘连，结节等，但子宫内膜异位症常有进行性加重的继发性痛经以及月经量增多，而盆腔结核多有月经减少和闭经症状。
盆腔炎性疾病后遗症常有盆腔炎性疾病的病史，有月经紊乱，很少发生闭经。盆腔结核常有月经稀发，闭经，不孕等症状。诊断性刮宫，子宫，输卵管造影和腹腔镜检查可帮助诊断。
溃疡性结肠炎的鉴别诊断
溃疡性结肠炎的诊断，因为溃疡性结肠炎是一种非特异性的炎症性疾，病临床表现多种多样，难以找到典型的临床特征来做出确诊。应该是排除一些其他疾病，要排除细菌性痢疾、阿米巴性结肠炎、血吸虫病、肠结核，再就是结合患者有一些典型的临床表现，再就是结合内镜、X线特征来进行诊断。
溃疡性结肠炎的患者需要跟以下疾病鉴别：
一、肠易激综合征，肠易激综合征发病跟精神心理障碍有关系，常有腹痛、腹胀，可以出现便秘、腹泻交替，伴有全身的神经官能症状，粪便有黏液，但是没有脓血。通过结肠镜检查一般能够发现没有器质性病变。
二、直肠结肠癌，多见于中年以上人群，直肠癌指诊检查时能够触及肿块，经过结肠镜以及钡餐检查，往往能够发现问题。
三、慢性阿米巴痢疾，病变常累及大肠两端，也就是直肠、一段结肠和盲肠，通过结肠镜采取溃疡面渗出物或者溃疡边缘组织，能够找到阿米巴就能够确诊。
肠结核的诊断和鉴别诊断
如有以下情况应考虑本病：
①中青年患者有肠外结核，主要是肺结核；
②临床表现有腹泻、腹痛、右下腹压痛，也可有腹块、原因不明的肠梗阻，伴有发热、盗汗等结核毒血症状；
③X线小肠钡剂检查发现跳跃征、溃疡、肠管变形和肠腔狭窄等征象；
④结肠镜检查发现主要位于回盲部的肠黏膜炎症、溃疡、炎症息肉或肠腔狭窄；
⑤PPD（结核菌素）试验强阳性。如活体组织病检能找到干酪性肉芽肿具确诊意义，活检组织中找到抗酸染色阳性杆菌有助诊断。对高度怀疑肠结核的病例，如抗结核治疗数周内（2～6周）症状明显改善，2至3个月后肠镜检查病变明显改善或好转，可作出肠结核的临床诊断。
对诊断有困难而又有手术指征的病例行手术剖腹探查，病变肠段或（及）肠系膜淋巴结病理组织学检查发现干酪性肉芽肿可获确诊。
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