造血干细胞移植的并发症早期主要是恶心呕吐，黏膜炎这些消化道的反应，还有急性肝肾功能受损，心血管系统的毒性。造血干细胞移植会合并感染，包括细菌，病毒，真菌，卡氏肺囊虫肺炎。还会发生肝静脉闭塞和移植物抗宿主病反应。
造血干细胞移植的并发症是关系到移植成败的重要部分。并发症的发生与大剂量放化疗的毒副作用和移植后患者的免疫功能抑制、紊乱有关。
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