干细胞移植在临床上常用的是造血干细胞移植，造血干细胞移植后通常不排异好。
造血干细胞移植是从供者体内取出一定数量的造血干细胞，作为移植物。用一些预处理方案，清除受者有病的造血与免疫系统，可以将供者的造血干细胞移植到受者体内，重建受者的造血和免疫系统的一种治疗办法。
造血干细胞移植按照供者，可以分为自体移植、同卵双生间的同基因移植、同种异基因移植。此外，造血干细胞移植也可以根据干细胞来源器官，分为胎肝移植、脐血移植、骨髓移植和外周造血干细胞移植等。在临床上造血干细胞的移植，常常应用在恶性血液病，比如急性白血病、慢性髓性白血病、侵袭性淋巴瘤，以及多发性骨髓瘤等相关的病人。造血干细胞的移植还可以应用在造血干细胞的疾病，比如重型再生障碍性贫血等。
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