大蒜素注射液的禁忌目前临床尚不明确，对儿童、孕妇、哺乳期妇女及老年人的用药安全性也不明确，因此，以上人群应在专业医生指导下谨慎使用本品。需要注意的是本品对皮肤、黏膜有刺激，不宜作皮下或肌内注射。
大蒜素注射液是抗感染药，临床主要用于深部真菌和细菌感染，用于防治急慢性菌痢和肠炎、百日咳、肺部和消化道的真菌感染、白色念珠菌菌血症、隐球菌性脑膜炎、肺结核等。不推荐常规使用建议若其他抗感染药无效或不能耐受时选用。
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