上呼吸道支原体感染时患者要根据病情选择口服一些敏感的抗生素消炎治疗，例如临床上常选择口服大环内酯类的抗生素，例如阿奇霉素、罗红霉素、克拉霉素，有时也可以选择氟喹诺酮类抗生素，例如左氧氟沙星或莫西沙星等抗感染治疗，通常上呼吸道支原体感染的抗感染疗程多在一周左右的时间。
在上述的抗感染同时还需要配合一些对症处理的药物，例如患者伴有咽喉疼痛症状明显者可以口服蓝芩口服液或蜜炼川贝枇杷膏等润喉药物，当咳嗽症状明显时也可以联合止咳药物和雾化吸入等综合的对症处理。
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