慢性腹泻会导致肠道内的菌群失调，因为人体的肠道内有很多的细菌，包括有益的细菌——益生菌，有害的细菌——致病菌，当益生菌和致病菌处于平衡时，肠道才是一种健康的状态。
慢性腹泻会造成电解质的紊乱，肠道菌群也会出现失调的情况，从而造成长期慢性腹泻的迁延，这是慢性腹泻最直接的危害。
慢性腹泻也很有可能把一些严重的疾病给遮盖掉，所以出现慢性腹泻，尤其是腹泻长达两个月以上的，一定要积极的到正规医院做相应的检查，找到病因，针对病因做针对性的治疗。
慢性腹泻可以采用中医或西医治疗，西医一般用止泻的药物，还有就是通过降低肠道蠕动功能的药物进行治疗。另外，还会通过调整肠道菌群的药物进行治疗；从中医方面，针对慢性腹泻主要就是辨证施治，可以吃中药、针灸、拔罐、艾灸等。
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