第一，如果有肠瘘、肠壁或器官脓肿，肛门直肠周围病变、活动性便血、肠穿孔等并发症，或病变切除后复发，多考虑为克罗恩病。如果伴有其他器官结核，血中腺苷酸脱氨酶活动性升高，要考虑为肠结核。
第二，克罗恩病可有结节病性肉芽肿，裂隙状溃疡，淋巴细胞聚集，但是没有干酪样坏死。肠结核的肠壁病变，活检可有干酪样坏死，粘膜下层闭锁，对于鉴别有困难者可先行抗结核治疗，有手术适应症者可行手术探查。
克罗恩病与肠结核的鉴别诊断
肠结核患者既往或现有肠外结核病史；临床表现少有瘘管、腹腔脓肿和肛门周围病变；内镜检查见病变主要涉及回盲部，可累及邻近结肠，但节段性分布不明显，溃疡多为横行，浅表而不规则；活检组织抗酸杆菌染色阳性有助肠结核诊断，干酪样肉芽肿是肠结核的特征性病理组织学改变（可惜因取材大小受限，依靠活检较难发现这一特征性病变）；结核菌素试验（PPD）强阳性、血清结核杆菌相关性抗原和抗体检测阳性等倾向肠结核诊断。对鉴别有困难不能除外肠结核者，应先行诊断性抗结核治疗，肠结核经抗结核治疗2～6周后症状有明显改善，治疗2～3个月后内镜所见明显改善或好转。有手术指征者可行手术探查，病变肠段或肠系膜淋巴结病理组织学检查发现干酪性肉芽肿可获确诊。
克罗恩病患者该如何调理全身营养和肠道营养
1、尽量少用富含食物纤维的食物，如蔬菜、水果、粗粮、整粒豆、硬果。
2、脂肪含量不宜过多，腹泻患者对脂肪的消化吸收能力减弱，易致脂肪泻，故应控制脂肪的摄入。
3、少量多餐，注意营养平衡，由于食物选择的限制，饮食营养素难以平衡，因限制蔬菜和水果，易引起维生素C和某些矿物质的缺乏。
4、注意补充无机盐：患者由于腹泻、发热、瘘管等，无机盐的丢失明显，必须在饮食中注意补充，避免电解质平衡紊乱。
1、宜用食物：精细米面制作食物，如粥、烂饭、面包、软面条、饼干；切碎制成软烂的嫩肉、动物内脏、鸡、鱼等等；豆浆、豆腐脑；乳类、蛋类；菜水、菜汁，去皮制软的瓜类、番茄、胡萝卜、土豆等。
2、限用食物：各种粗粮，整粒豆、硬果，富含食物纤维的蔬菜、水果，油炸、油腻食品，辣椒、胡椒、咖喱等浓烈刺激性的调味品。
3、一定要戒烟忌酒：尤其是烟对克罗恩病有加重作用，坚决戒除。
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