原因到目前为止尚不是十分的清楚。各种致病原因均可以引起。例如引起的胚胎发育的异常，即可以导致尿道融合的异常，产生尿道下裂，尤其是在先兆流产，早产低体重儿当中，尿道下裂的发病率较高。原因就是可能以配台未发育完全，生产有很大的关系。尿道下裂也有一定的遗传因素。
临床上发现大约20%左右的尿道下裂的患儿均具有家族遗传类似的疾病。而且，激素和环境对胚胎的发育也有一定影响，也可以导致尿道下裂的发生。还有就是母亲在怀孕期间接触了异常的激素或者一些放射线。可以导致胎儿的畸形出现尿道下裂，以至于出现一些并发症。
男孩尿道下裂的原因
尿道下裂是一种男性尿道开口位置异常的先天性缺陷，尿道口可分布在正常尿道口至会阴部的连线上，多数病人可伴有阴茎向腹侧弯曲。
尿道下裂是小儿泌尿系统中常见的畸形。在尿道下裂中，阴茎筋膜和皮肤在孕期八到十四周，发育过程中未能在阴茎腹侧正常发育。尿道沟融合不完全时，可形成尿道下裂。同时要到尿道海绵体也发育不全，在尿道下裂的远端形成所撞，可导致阴道弯曲。
多数的尿道下裂病例没有明确的病因，大部分学者认为有多个因素参与尿道下裂的形成。有少数的病例可能是单基因突变引起，而文献中报道的多数病例与产妇高龄、内分泌水平、抗癫痫药、低体重儿、先兆子痫以及其他环境因素相关。
引发尿崩症的原因有哪些
引起尿崩症的原因有很多，有些患者在临床上找不到任何的原因称为特发性尿崩症。部分继发性中枢性尿崩症发生的原因，是与下丘脑神经垂体的肿瘤有关系；有些是与头部的严重创伤比如脑外伤有关系；部分是与脑部的感染性疾病有关系比如脑膜炎，有少数是与常染色体显性遗传有关系。
另外，肾脏相关的疾病比如慢性间质性肾炎也会导致尿崩症。通常中枢性尿崩症是由于抗利尿激素严重缺乏或者部分缺乏，而肾性尿崩症发生的原因是与肾脏对抗利尿激素不敏感有关系。
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