肺栓塞需要与心梗、心功能不全，肺炎等疾病鉴别，可能还需要与其他疾病鉴别。
肺栓塞主要的表现是胸痛、胸闷症状，心梗、心功能不全的时候同样可以导致上述症状，二者临床表现上有一定相似性。而且老年人心梗的发生率较高，肺栓塞发生率也要高于年轻人，所以二者发病的人群也有一定相似性，上述两个疾病需要仔细鉴别。
肺栓塞还需与肺炎鉴别，部分肺炎的患者波及胸膜，可以引起胸痛症状。而非栓塞合并肺梗死也可以累及胸膜导致胸痛，肺栓塞合并肺梗死的时候做胸部CT可能表现为胸膜下的楔形实变影或者斑片状的阴影，与肺炎的影像学表现也很相似，上述两个疾病也需要鉴别。
此外，肺栓塞还需要与其他导致胸闷症状的疾病鉴别，包括慢阻肺、肺间质病等相关疾病。
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