部分患者使用他克莫司软膏，会出现一些副作用，主要表现为中枢神经系统的损害，可诱发癫痫发作，还可能会出现感染，比如大疱脓疱病，骨髓炎，败血病等。
对肾脏也会造成损害，比如可出现有急性肾功能衰竭，肾功能不全等。对皮肤会造成损害，可能会导致红斑，痤疮。部分患者还可能会出现一些肿瘤，比如淋巴瘤，基细胞癌，鳞状细胞癌，恶性黑色素瘤等。
通常在使用这个药物时，对这个药物成分有过敏反应的患者，都是禁止使用的。因此在使用这个药物，需要在医生的指导下，根据病情来选择。
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