临床上治疗结膜炎的药物比较多，不同类型的结膜炎，应用的药物也不同，比如病毒感染造成的病毒性结膜炎，需要应用抗病毒的滴眼液来进行治疗，比如阿昔洛韦滴眼液，更昔洛韦眼用凝胶。而细菌感染导致的细菌性结膜炎在临床上更为常见，需要应用一些广谱的抗生素滴眼液和眼膏来治疗，比如左氧氟沙星滴眼液，妥布霉素滴眼液，红霉素眼膏等。
过敏性结膜炎需要应用抗过敏的滴眼液治疗，常用的有色甘酸钠滴眼液，氮卓斯汀滴眼液，还可以应用糖皮质激素类的药物，比如地塞米松滴眼液。另外还可以应用一些人工泪液来起到辅助治疗的作用，比如玻璃酸钠滴眼液。
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