二型呼吸衰竭的治疗一方面是病因治疗，另一方面是呼吸支持治疗。
引起二型呼吸衰竭的病因，比较常见的如气胸，胸腔积液，多发肋骨骨折，腹腔高压，心功能衰竭等等。需要去除病因，这样病情才能够得到有效的缓解。
另一方面呼吸支持治疗，二型呼吸衰竭的患者需要给予低流量低浓度的供氧。因为二型呼吸衰竭的患者呼吸中枢受到低氧的刺激，如果给予高浓度高流量的供氧以后低氧得到纠正，呼吸中枢感受不到呼吸的刺激，因而会导致呼吸抑制，从而使得分钟通气量下降，二氧化碳进一步的潴留，使得呼吸衰竭的症状进一步的加重。
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