大部分的抗生素药物常见的副作用是容易引起消化道的不适症状，比如出现食欲不振、反胃、恶心、腹泻、腹痛等。
多数抗生素使用后要经过肝脏、肾脏分解代谢，所以抗生素类药物的副作用还有可能会导致肝肾功能的损害，特别是特殊群体用药，比如肝肾功能不全、婴幼儿童，还有老年患者，在使用抗生素药物时更需要格外注意。
有些抗生素药物，比如青霉素类、头孢菌素类易引起过敏反应，严重情况可导致过敏性休克。还有些抗生素的副作用可以引起血液系统的损害，比如损害白细胞、中性粒细胞，或导致血小板减少等。
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