第1点病毒性脑炎要注意鉴别自身免疫性脑炎，这两者还是有很大区别的，病毒性脑炎与病毒的感染是有关系的，自身免疫性脑炎主要与体内自身免疫功能异常有关，需要完善血清以及脑脊液当中自身免疫性脑炎抗体的相关筛查。
第2点，病毒性脑炎还需要与脑梗死鉴别，因为病毒性脑炎可以影响大脑皮层，发病比较急，有时候与脑梗死的影像上是比较相似的，但是病毒性脑炎的大脑皮层的异常与血管支配区是不一致的，从而可以进行相应的鉴别。
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