大便细菌培养和大便常规检查有本质的区别，大便常规的检查范围更广，大便常规检查可以判断有没有消化道出血，有没有感染，包括寄生虫感染，真菌感染，细菌感染。
而大便细菌培养主要是针对的大便细菌感染，如果大便有细菌感染，这个时候可以进行细菌培养，细菌培养之后发现有致病菌感染，此时再做药敏实验，可以找到敏感的抗生素进而进行有效的治疗。
因此，细菌培养是在大便常规检查有白细胞，怀疑有某种特殊的细菌感染，而在临床上治疗效果不好的时候就可以进行大便细菌培养。
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