病原学诊断是通过各种方法，寻找引起病毒性心肌炎的病原体，其中确诊的指标是从心内膜、心肌或者心包来发现病原体，其中这些检查可以通过活体组织检查或者病理检查等来进行，也可以通过心包穿刺液检查。
如果发现以下几个指标，即可以进行确诊：
首先，是分离到病毒。
第二，是用病毒核酸探针查到病毒核酸。
第三，是特异性病毒抗体呈阳性。
第二大类是参考的依据，如果有以下之一结合临床表现，可以考虑心肌炎是由病毒引起的，这些指标包括自粪便、淹柿子或者血液中分离到病毒，而且恢复期血清同型抗体滴度，较第一份血清升高或者降低四倍以上，或者病程早期血中，特异性癌前抗体阳性，用病毒核酸探针，自患儿血中查到病毒核酸。
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