一般来说，在临床上肠道菌群失调的治疗措施，有以下一些方面：
一、合理应用抗生素，避免擅自滥用抗生素，应当在医师指导下选择合适的抗生素进行治疗。
二、应用生态制剂，如活性菌制剂，常用的有双歧杆菌，嗜酸乳杆菌等，还有非活性菌制剂，多指含经热处理的乳酸杆菌以及其代谢物等。另外还包括菌群促进剂，乳果糖等低聚糖可促进双歧杆菌的生长。
三、对症支持治疗，对于腹泻较重的患者，可给予止泻药物进行治疗，如蒙脱石散口服等。
导致肠道菌群失调的原因及治疗
1，内在因素，先天性或者获得性免疫功能缺陷者易出现菌群失调，随着年龄增长，体内双歧杆菌减少比较明显。
2，外在因素，大剂量放射线照射以及长期应用抗生素的患者，可以出现肠道菌群失调，肠道菌群失调的治疗包括以下三项：
1）合理应用抗生素。
2）可以选用生态制剂，比如双歧杆菌，乳杆菌，嗜酸乳杆菌以及乳果糖等低聚糖。
3）对症治疗，对腹泻较重者可给予止泻药物。
宝宝肠道菌群失衡怎样调理？如何正确食用益生菌
如何调理宝宝肠道菌群失衡
1、每天至少给宝宝摄入1-100亿益生菌
亚洲益生菌学会联盟会长、知名肠道健康专家蔡英杰教授建议公众，每天摄入活性益生菌。
蔡教授指出，肠道中有100兆个菌，其中20%是好菌，20%是坏菌，其它是中间菌。当好菌多的时候，中间菌就变成好菌，坏菌增加时，中间菌就变成坏菌。
对于健康人群而言，每天保证摄入几十亿益生菌，就能起到抑制有害菌，改变肠道菌群的平衡的目的，但是对于肠道功能不完善的宝宝以及肠道存在疾病的人而言，就需要加大益生菌摄入量，每天100亿以上，甚至更多。
这里注意了，这里说的摄入量，不是产品包装上标注的数量，而是能够到达肠道的益生菌数量。
2、益生菌益生元同补
益生元，可以增强益生菌在肠道的定殖。作为“益生菌的粮食”—益生元，能够增殖10-100倍，这样肠道内的益生菌数量就多了。亦舒堂益生菌菌粉，就实现了益生菌和益生元同补，避免额外补充益生元的麻烦。
3、均衡饮食
一般讲，以富含纤维的蔬菜和淀粉为主食的人，肠内有益菌比例高；相反肉食者肠道消化蛋白质细菌的比例大，而这些细菌一般是属于腐败菌，对人体有害。虽然宝宝成长需要补充大量营养，但是也要多吃蔬菜水果，有助于肠道菌群平衡。
4、少给宝宝使用抗生素
广谱类抗菌药物对人体菌群的影响很大，它不仅能杀灭有害菌，而且也能同时大量杀灭益生菌，造成肠道菌群的彻底破坏，导致人体菌群失调。
因此，从长远健康角度考虑，除非万不得已，应尽量避免长期使用抗生素药物。
如果使用抗生素类药物，2-4小时后一定要及时摄入益生菌，这样可以补充因抗生素造成的菌群失衡，恢复肠道菌群。
宝宝肠道菌群失衡容易生病，特别是剖腹产儿，由于没有经过母亲的产道，身上赋予的益生菌更少，身体抵抗力更差，需要及时补充益生菌调理。
宝宝肠道菌群平衡，消化好吸收好，身体抵抗力也更强。
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