白细胞减少症有遗传因素，但白细胞减少症的病因很多，包括细菌、病毒感染、药物因素，比如化学药物以及丙硫氧嘧啶这种抗甲状腺的药物，再就是结缔组织病，尤其是系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、干燥综合症，消化系统疾病，肝硬化、脾功能亢进、肝炎等，以及血液系统疾病，恶性白血病、再生障碍性贫血、巨幼细胞性贫血、阵发性睡眠性血红蛋白尿都有可能会导致白细胞减少。
随着人民饮食生活习惯的改变，大气、水污染的加重，白细胞减少症的发病率也在增高。
细胞减少症，在肿瘤化疗中比较常见，主要的发生机制就是抗肿瘤药物缺乏特异性，在杀伤肿瘤细胞的同时也会将正常的细胞杀灭，所以患者就有可能会出现白细胞减少症，白细胞减少症的疾病中，血液系统疾病占主要位置。
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