先天性足畸形原因大概是两类：
一类是遗传因素，由于遗传基因的问题，比如多趾或者并趾畸形，一些跖骨短小症有明确的遗传基因。隐性遗传基因家族史，一般几代人都会有。
另一类先天性足畸形，属于在胚胎发育过程中出现了问题。胎儿在母体内的发育，在某个阶段足的肢体发育受到了不适当的干扰，使其发育改变了方向出现了畸形，还有可能跟胎儿在母体内的体位有关系，可能由于压迫导致脚或者是脚的一部分长歪会导致畸形，多数情况下还是不确定因素导致胚胎发育过程中受到干扰，使肢节或者脚组织出现发育异常导致的畸形。
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