磁共振检查可以诊断体内很多系统的疾病，比如比较适合于中枢神经系统疾病的诊断，可以对患者胸腔疾病进行诊断，还可以对腹腔以及关节的疾病进行诊断。
核磁共振对颅内的病变显示的特别清晰，可以用来做脑梗死、脑出血、脑瘤等疾病的诊断。核磁共振对体内的软组织显示的特别清晰，可以用于关节病变的诊断。核磁共振对于胸腔腹腔实质器官也显示得特别清楚。
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