儿童再生障碍性贫血的发病机制是由于骨髓中的造血干细胞的数目发生了减少，同时骨髓中造血微环境的功能发生失调。T细胞功能异常亢进，对骨髓中的造血干细胞发生毒性的攻击，这些综合性的因素会导致患者骨髓的造血能力下降，甚至发生造血衰竭，从而导致患者发生三系细胞减少等一些临床表现，这是儿童再生障碍性贫血的主要发病机制。
儿童再生障碍性贫血为了要根治该类疾病，应该要进行干细胞移植治疗，因为该类疾病的根源在于造血干细胞的病变，所以通过移植外来的干细胞，重建患者骨髓当中的造血功能和免疫功能才有可能治愈。
儿童再生障碍性贫血要注意饮食，保持运动。在饮食上要避免辛辣、刺激、过冷、过硬食物，尤其要禁食海鲜品，应该多吃清淡易消化、富含维生素的食物。平时要适当运动，增强体质，加强免疫力，要根据自己的情况适当的运动，在运动时要防止受伤，以免导致出血。
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