EV71疫苗不良反应有注射部位红肿疼痛，发热、皮疹、流感样症状、头晕等。
EV71疫苗是手足口病的针对性疫苗，通过接种EV71疫苗能够预防EV71型感染导致的手足口病，疫苗在注射后可能会出现不良反应：患者接种后容易出现身体发热的现象；部分患者对疫苗里面的成分产生过敏，所以在接种EV71疫苗后可出现皮肤的红斑、皮疹等情况，但很少会出现皮肤疱疹，大多数还会伴有皮肤瘙痒的症状；接种EV71疫苗后可能会出现流感样的症状，常见的有眼睛发红、流泪、鼻塞或流鼻涕等表现，同时还会伴有头晕、身体乏力等症状。比较罕见的可能会出现肝肾功能的损害，导致患者出现黄疸或肝肾功能异常。接种后应现场留观三十分钟，避免剧烈活动。
任何疫苗的免疫效果都不能达到100%，少数患者接种后未产生抗体或者仍然发病，与疫苗本身特性和接种者个体差异有关系。
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