二次杀幽门螺杆菌需要质子泵抑制剂、铋剂、抗生素，常见药物有：奥美拉唑镁肠溶片、枸橼酸铋钾、阿莫西林、甲硝唑等。
二次杀幽门螺杆菌考虑是因为第一次治疗并没有根除，所以进行二次治疗。通常建议第一次治疗后间隔半年再进行第二次治疗。目前幽门螺杆菌治疗一般是四联疗法，包括质子泵抑制剂（奥美拉唑镁肠溶片、兰索拉唑肠溶胶囊、泮托拉唑肠溶片、雷贝拉唑钠肠溶片、埃索美拉唑镁肠溶片）；铋剂（胶体果胶铋、枸橼酸铋钾），抗生素类药物（阿莫西林、甲硝唑、呋喃唑酮）。需要两种抗生素、一种铋剂以及一种质子泵抑制剂联合治疗。如果正规治疗下停药1个月后复查幽门螺杆菌依然显示阳性，建议进行第二次清除治疗。
当患者首次进行幽门螺杆菌治疗时，体内幽门螺杆菌作为细菌，会对抗生素产生一定耐药性。如果患者没有间隔一定时间给予第二次治疗，药物可能仅会出现副作用而未发挥真正作用，因为抗生素无法进入细菌细胞壁。间隔半年时间后，可以更换抗生素，再进行第二次治疗。
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