临床上更年期抑郁症的治疗主要采用的是药物治疗，心理治疗，物理治疗。在药物治疗上主要采用的是五羟色胺再摄取抑制剂，改善患者大脑内五羟色胺和去甲肾上腺素等神经递质的平衡紊乱，特别是应用帕罗西汀，氟西汀，度洛西汀或者是艾司西酞普兰，文拉法辛等药物。
而在临床上心理治疗也是非常重要的治疗方法，以认知行为疗法为主，帮助更年期女性改善患者的认知不合理，重建认知体系等方法，放松训练也是非常有效的一种行为训练方法。而物理治疗的方法上可以采用重复经颅磁刺激治疗，光照治疗或者是电休克治疗等方法，往往对更年期抑郁症患者治疗效果良好。
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