肺脓肿的鉴别诊断有以下几点。
首先要与支气管肺癌相鉴别。部分癌组织坏死形成空洞继发感染时，此时与肺脓肿相似。此类患者的空洞多呈现厚壁、偏心性，而且空洞的周围炎性反应较少，空洞内壁可以呈现结节样改变、液平也较少见，患者多需要完善病理的活检明确诊断。
其次，与肺结核相鉴别，特别是干酪性肺炎或空洞型肺结核患者。他们多有结核的中毒症状，其确诊也是需要视情况完善病理活检以及结核杆菌的病原学检测。部分肺脓肿还需要与细菌性肺炎相鉴别，早期肺炎患者并未见到有空洞形成，此时通过动态的观察肺部CT部分患者经过抗感染治疗可以吸收。
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