吡美莫司乳膏和他克莫司胶囊的主要区别是所含有的药物成分不同，其主要的作用有一定的差异。
其中吡美莫司乳膏主要含有吡美莫司，主要用于治疗无免疫受损的两岁以及两周岁以上轻度至中度的异位性皮炎患者。短期治疗疾病的体征和症状，长期间歇治疗，以预防病情的加重。
其中他克莫司胶囊主要含有的成分是他克莫司，主要用于因潜在危险而不易使用传统疗法，或对传统疗法反应不充分，或者无法耐受传统疗法的中到重度特应性皮炎患者，作为短期或者是间歇性治疗。
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