做羊膜腔穿刺不会有明显疼痛症状，因为在穿刺之前需要在穿刺部位进行局部麻醉，这样穿刺针再进入腹腔的时候，基本上感觉不到疼痛。
如果做唐氏筛查或者无创DNA检查，发现有高风险的情况，为了确定胎儿是否有染色体异常，可能需要做染色体核型分析，这种情况就需要做羊水穿刺。如果胎儿没有畸形，有羊水过多的情况，可以抽取少量羊水，如果羊水过少，可以向羊膜腔内注入生理盐水。做这项检查也有风险，比如有可能会发生感染，可能会增加流产的几率，甚至可能会造成羊水栓塞等。
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