同型半胱氨酸水平升高可以导致心脑血管疾病风险升高，然而同型半胱氨酸并不是像其他传统心血管疾病危险因素的作用那么明显，它主要的危害是导致动脉粥样硬化和促血栓形成，同型半胱氨酸可以引起血管损伤，表现为血管内膜增厚，弹性膜破坏，平滑肌肥大，引起血小板聚集以及血栓形成，所以同行半胱氨酸血症与心血管关系是比较密切的。
多项研究表明，同型半胱氨酸浓度降低，可以减少冠心病的脑卒中风险，而同型半胱氨酸水平每升高5mol/L，冠心病事件风险升高约20%。另外高同型半胱氨酸还可以导致心力衰竭的发生。
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