部分患者长期使用甲巯咪唑片会出现有副作用，副作用主要有血液和淋巴系统的异常，表现为粒细胞缺乏症，血小板减少，泛发性淋巴结病。
还可出现有内分泌的异常，比如胰岛素自身免疫综合征，还可出现神经系统的异常，表现为味觉紊乱，神经炎，多发性神经病等。
部分患者还可出现有消化系统的异常以及皮肤皮下组织异常，出现不同程度的过敏，部分患者还会有关节的疼痛的副作用。
这个药物通常需要在医生的指导下根据病情选择服用。
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