牙周炎可以与根尖周炎去鉴别，尤其是急性根尖周炎。患者牙周炎可能会出现急性牙周脓肿，出现疼痛，出现牙龈脓包，但是它的脓包位于牙齿颈部附近，有深牙周袋存在。急性根尖周炎也会出现牙龈的脓包，它的脓包位于牙根的相对应的位置，没有深牙周袋。
牙周炎的患者还有牙槽骨吸收、牙龈萎缩等现象，根尖周炎的患者没有这种现象。牙周炎的患者，牙齿有松动，垂直向叩诊没有疼痛，侧向叩诊可能会出现疼痛，根尖周炎的患者有牙齿松动，垂直向叩诊有明显疼痛反应，侧向叩诊没有明显的疼痛不适，患者有牙周炎做牙周综合治疗，有根尖周炎做根管治疗。
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