核磁共振检查可以帮助诊断全身多种部位，多种疾病，在临床工作中得到广泛的开展。
当然核磁共振应用最成熟的还是中枢神经系统，如发现脑肿瘤，脑血管畸形，脑发育畸形，还有一些早期的脑梗塞，都是核磁共振相对传统CT有明显优势的地方。
在临床工作中核磁共振现在越来越多的应用于消化系统，骨关节系统。对早期肝硬化小结节的定性、一些骨软组织肿瘤的分类与定性都有非常好的诊断价值。
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