再生障碍性贫血有的没有病因，有的是由于药物导致的、病毒性肝炎导致的、苯中毒导致的以及电离辐射导致的。
那些没有原因所导致的再生障碍性贫血往往是由于自身免疫功能紊乱所导致的。而药物导致的再障可见于氯霉素、氨基比林、磺胺、卡比马唑、甲巯咪唑等药物。病毒性肝炎导致的再生障碍性贫血可以见于乙型病毒性肝炎，也可以见于甲型、丙型、丁型、戊型病毒性肝炎。苯中毒可以导致再生障碍性贫血，而电离辐射也会损害造血干细胞和骨髓微环境，从而导致再生障碍性贫血。
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