身体各个系统许多疾病都可以利用核磁共振进行诊断。但往往核磁共振在临床上主要用于传统CT不能确诊、不能定性的一些病变，如脑组织肿瘤。核磁共振由于其软组织空间分辨率和信号分辨率都高于CT的优势，对于脑肿瘤的定性判断具有CT不可比拟的优势，所以说核磁共振在各个领域的应用都非常的广泛。
刚才说的脑肿瘤，还有比如早期肝硬化肝结节的定性判断，四肢骨关节骨肿瘤或软组织肿瘤的定性判断，这些都是核磁共振非常有优势的疾病。
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