幽门螺杆菌感染一般不会出现口臭，幽门螺杆菌是定植在胃黏膜当中的细菌，它会引起胃黏膜的慢性炎症。当胃黏膜中幽门螺杆菌长期存在，黏膜的慢性炎症会逐步发展为慢性萎缩性胃炎，所以幽门螺旋杆菌需要服药根除。
口腔中有许多和人类共生的细菌，细菌分解食物残渣可以引起口臭，当存在慢性咽喉炎、牙龈炎时，口臭往往更加明显，有研究在牙菌斑中检测到幽门螺旋杆菌，定值在牙菌斑中的幽门螺旋杆菌和口腔中其他细菌一样，通过自身代谢会产生异味，当服用药物根除胃中的幽门螺旋杆菌的时候口臭会有所改善，这是因为杀除幽门螺杆菌的抗菌素同样可以杀除口腔中的其他各种细菌。
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