磁共振对脑发育迟缓的诊断有帮助，但不是唯一的确诊方法。磁共振发现脑沟、脑回增宽时，能提示脑发育不良，但有些脑发育不良的患儿磁共振可能没有明显异常。脑电图、头颅多普勒对诊断也有作用。
诊断脑发育不良最主要的是评估小儿的生长发育情况 ，尤其是智力、运动、语言等，再结合怀孕史、出生史、生长发育史和上述辅助检查才能确诊。
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