肯定的基本病理改变是心瓣膜心内膜以及大血管内膜面附着油状感染性赘生物，赘生物由血小板白细胞红细胞纤维蛋白胶原纤维以及致病微生物等组成，心脏瓣膜的赘生物可以导致瓣膜出现溃疡和穿孔。
如果累及腱索和乳头肌可以使腱索缩短以及断裂，累及瓣环和心肌可以导致心肌脓肿，室间隔穿孔和动脉瘤，大的或者多量的赘生物可以堵塞瓣膜孔或者肺动脉，导致急性循环障碍，赘生物受高速水流冲击可以有血栓脱落，随着血流散布到全身血管，导致肌关出现栓塞。
右心的栓子引起肺栓塞，左心的栓子则可以引起肾脏大脑脾四肢和肠系膜等动脉出现栓塞，微小栓子栓塞毛细血管可以产生皮肤瘀点，也就是欧式小结。
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