痰真菌培养分为：痰的真菌的分离、培养和鉴定,。合格的痰液标本培养出真菌是肺部真菌感染的金标准，相关的项目检查包括：血液、胸水真菌检查。
标本要求是合格痰液标本，需要无菌采集，小于1小时送检或冷藏保存，参考区间是可以检出少量单细胞真菌，主要的应用是确诊上呼吸道真菌感染。
痰标本培养检出真菌很可能是来自上呼吸道的定植菌，可以误判为感染菌。目前国际上引用原则是采用胸片结合肺组织活检或者是血液、胸腔积液检出真菌作为侵袭性真菌感染的标准。
经支气管镜保护性导管支气管刷采集的呼吸道标本，受上呼吸道菌群污染的可能性最小，最适合进行细菌培养，包括厌氧和需氧菌培养，阳性的话就是提示一些呼吸道的真菌感染。
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