一般情况下，肺脓肿应当与以下一些疾病进行鉴别：
一，细菌性肺炎，可有口唇疱疹，咳铁锈色痰，肺部听诊有湿罗音，影像学检查，提示肺部大片密度增高的阴影，如经治疗后出现高热不退，咳大量浓痰应考虑为肺脓肿。
二，支气管肺癌，多发于四十岁以上的患者，一般来说，没有明显的中毒症状，影像学发现空洞壁内面凹凸不平，呈结节性，空洞偏心。
三，局限性脓胸，有液平的肺大泡会发生感染、支气管源性囊肿或隔离液发生感染、肺内血肿、尘肺、食管裂孔疝，可经胸部x线检查，必要时需要进行胸部ct检查予以区别。
四，空洞型肺结核，患者通常有肺结核的常见症状，结核分枝杆菌检查阳性。
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