系统性红斑狼疮目前发病原因，还是不清楚的。对发病机制的研究，虽然有了很大的进展，但明确的具体的一些发病机制，还是不是很清楚。但现在研究发现，系统性红斑狼疮的发病与性激素、与环境、与微生物的感染，具有一定的原因。因为在系统性红斑狼疮患者中，育龄期的女性占有绝大多数，现在目前就认为雌激素可以促进，系统性红斑狼疮的发病。
除此之外，还有很多系统性红斑狼疮的患者，往往是在接受了紫外线的照射之后，病情开始出现活动，开始出现发病。因此在环境中，紫外线这些的照射对病情也是有一个促进的作用。还有一些患者在发病前，往往合并有一些病原体的感染，尤其是一些病毒的感染，像巨细胞的病毒，EB细胞的病毒。因此系统性红斑狼疮它的发病，是一个多因素导致的，涉及到环境因素、内分泌因素以及性激素因素等多个方面。
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