支原体、衣原体可以感染人体的多个系统，神经系统、呼吸系统、消化系统都有可能感染得到，还有人体的生殖系统也有可能。根据感染部位的不同，所表现出来的临床的表现也是不一样的。
打比方说，呼吸系统的支原体、衣原体的感染可以导致人体的发热、咳嗽、咳痰、肺部感染，对于这样的肺部感染的疾病，除了查常规的细菌病毒以外，非典型病原体的检查包括支原体、衣原体。
如果是感染到了人体的消化系统，会引起消化系统的症状，像恶心、呕吐、上腹的疼痛等等；如果是感染到了生殖系统，比如男性生殖系统会出现尿道口的肿胀、烧灼感、尿频、尿急、尿痛，甚至会影响生育，导致不育。
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