不同的疾病，不同的原因，可以导致不同的肠炎。所以肠炎并不是一个具体的疾病，它分为很多种原因。所以针对它的用药，应该是不同种类的。比如肠炎所用的抗生素，喹诺酮类的抗生素，主要是针对感染性肠炎。但是喹诺酮类的药物，一定是大于十八岁的人才能使用。
肠炎还常用的药是微生态制剂，比如双歧杆菌、地衣芽孢杆菌、枯草杆菌，这些来调节肠道的微生态，从而来缓解症状。肠炎合并腹部不适，可以用一些调节肠道功能的药，匹维溴铵等等。肠炎是以腹泻为主要表现的，但是在除外了感染性的情况下，可以给予止泻的治疗，可以用蒙脱石散等等。
还有一种特殊性的肠炎，溃疡性结肠炎，对轻度的患者可以用美沙拉嗪治疗，对待中到重度的患者，有可能需要糖皮质激素，或者是免疫抑制剂生物制剂的治疗。所以肠炎的用药，应该根据不同的疾病，不同的病因而选择不同的药物。
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