电子显微镜主要用于免疫系统相关疾病的诊断，比如免疫复合物相关的肾炎，必须要电子显微镜才能观察到免疫复合物的形态及类型，从而确定肾炎的具体类型，再进行对症治疗。
电子显微镜检查在肾脏病理活检中有很大的作用，如果病理医生建议要做这项检查，建议遵医嘱以确定病变的具体类型，从而正确的指导临床治疗。
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