心肌肽的副作用一般有呕吐、恶心、皮疹，以及局部酸胀、肿胀、疼痛等现象。
心肌肽是一种临床使用的处方药物，主要是作为心脏外科手术，在围手术期时对于心肌保护的辅助药品，此药品在临床上胸外科应用较为广泛，可以用来改善心肌超微的结构，具有保护和修复并且能够提高心肌耐受力的作用，对于其他的器官也有保护的作用。
尤其是心肌肽这种生物制剂很容易导致过敏，所以过敏体质的患者需要慎用。另外，有的病人可能会出现恶心、呕吐等消化道反应，或者是出现全身性的皮疹。当这些情况出现的时候，建议最好给予停药处理。同时建议及时到医院进行就诊检查，根据就诊结果并做出相应的治疗方案。在使用此类药物时，要避免与这类药物同功效的药物一起使用。
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