注射用两性霉素B的禁忌主要包括对本品过敏的患者及严重肝病的患者应禁用本品。需要注意的是几乎所有患者在疗程中均可出现不同程度的肾功能损害，尿中可出现红细胞、白细胞、蛋白和管型、血尿素氮和肌酐增高，肌酐清除率降低，也可引起肾小管性酸中毒。因此肾功能不全患者应谨慎使用本品。孕妇如确有应用指征时方可慎用本品。哺乳期妇女应避免应用本品或于用药时暂时停止哺乳。
治疗期间定期严密随访血、尿常规、肝、肾功能、血钾、心电图等，如血尿素氮或血肌酐明显升高时，则需减量或暂停治疗，直至肾功能恢复。
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